En 2025, les cessions de fonds de commerce d'officines ont progressé de +9,5 %, retrouvant une position dominante à 57 % des transactions, portées, selon Interfimo, par l'annonce de la fin programmée du dispositif d'amortissement fiscal. La loi de finances pour 2026 a finalement prorogé ce mécanisme jusqu'au 31 décembre 2029, mais la dynamique de marché est déjà enclenchée. Ce que l'article révèle : pourquoi l'amortissement fiscal crée une asymétrie d'intérêts entre cédant et acquéreur, et comment en tirer parti des deux côtés de la table.
+9,5 % de cessions en fonds de commerce : le marché répond à une incitation fiscale
Le signal est net. En 2025, 1 407 opérations de transaction officinale ont été enregistrées, contre 1 442 en 2024, soit une légère baisse de 2,5 % du volume global. Mais à l'intérieur de ce marché, la structure a basculé : les cessions de fonds de commerce représentent désormais 57 % des transactions, contre 53 % l'année précédente, tandis que les cessions de titres reculent à 43 % (Interfimo, avril 2026). Ce rééquilibrage n'est pas accidentel.
Interfimo identifie explicitement la cause : la crainte, en 2024-2025, de voir s'éteindre le dispositif d'amortissement fiscal déductible du fonds commercial au 31 décembre 2025. Ce mécanisme, instauré par l'article 23 de la loi de finances pour 2022, permettait aux acquéreurs de fonds d'amortir le fonds commercial sur 10 ans et de déduire cet amortissement de leur résultat fiscal imposable, un avantage normalement interdit en droit commun. La menace de sa disparition a accéléré les décisions de cession.
Le marché global reste sous pression : le prix moyen de cession des officines de plus de 400 000 € de marge s'établit à 76 % du CA HT en 2025, contre 78 % en 2024 (Interfimo, 2026). La rentabilité médiane des titulaires s'est établie à 60 400 € en 2024, en légère baisse par rapport aux 60 800 € de 2023. Dans ce contexte de marges compressées, l'avantage fiscal sur le fonds de commerce prend une valeur stratégique encore plus élevée pour les acquéreurs.
Le mécanisme en détail : comment l'amortissement fiscal transforme l'économie d'une reprise
Le principe est simple, mais les implications sont profondes. En droit commun, l'amortissement comptable d'un fonds commercial n'est pas déductible fiscalement, il doit être réintégré en résultat imposable. La loi de finances pour 2022 a ouvert une dérogation temporaire : pour les fonds acquis entre le 1er janvier 2022 et le 31 décembre 2025, cet amortissement comptable est admis en déduction du résultat imposable. La loi de finances pour 2026 prolonge ce dispositif jusqu'au 31 décembre 2029.
Concrètement, un pharmacien qui rachète un fonds de commerce pour 1 500 000 € via une société nouvelle peut déduire 150 000 € par an de son résultat fiscal pendant 10 ans. À un taux d'IS de 25 %, l'économie d'impôt atteint potentiellement 375 000 € sur la durée du dispositif, soit 150 000 € × 10 ans × 25 % (AdéquA / Le Moniteur des Pharmacies, février 2026). Cela consolide d'autant la trésorerie disponible pour rembourser l'emprunt. La simulation Extencia, réalisée sur une pharmacie de 1,936 million € de CA, valorise le fonds à 1,61 million € pour un EBE de 6,38 fois.
Ce dispositif s'applique aux petites entreprises soumises à l'IS ou à l'IR en BIC. Il a également été étendu par doctrine administrative aux titulaires de BNC soumis au régime de la déclaration contrôlée, ce qui couvre les pharmaciens exerçant en entreprise individuelle (BOFiP, BOI-BNC-BASE-50, 8 juin 2022). Une clause anti-abus exclut du bénéfice du dispositif les fonds acquis auprès d'une entreprise liée au sens de l'article 39, 12 du CGI.
Fonds de commerce ou titres de SEL : ce que la mécanique fiscale change pour le cédant
Du côté du cédant, le choix entre vente du fonds et cession de titres repose sur une équation fiscale distincte. La cession d'un fonds de commerce à l'IS génère une plus-value taxée au taux ordinaire de l'IS, soit 25 % en 2025. La cession de titres de SEL détenus depuis plus de 2 ans bénéficie, elle, d'un régime de quasi-exonération : la plus-value nette à long terme est exonérée d'IS, sous réserve d'une quote-part de frais et charges de 12 %, soit une imposition effective de l'ordre de 3 % du gain au niveau de la société (CGI art. 219, I-a quinquies).
Pour le pharmacien qui cède personnellement (IR), la plus-value à long terme sur fonds non amortissable est taxée à 30 % (12,8 % IR + 17,2 % prélèvements sociaux). En cas de départ à la retraite, un abattement de 500 000 € s'applique sur la fraction soumise à l'IR, réduisant substantiellement la note fiscale. La cession de titres de SEL par une personne physique est soumise à la flat tax de 30 %, réduite à 30-34 % selon l'application de la contribution exceptionnelle sur les hauts revenus (CEHR).
Le point d'articulation entre les deux modes est précis : la fraction du fonds commercial qui a été fiscalement amortie est requalifiée en plus-value à court terme lors de la cession, imposée au taux plein de l'IS et non au taux réduit. Cette réintégration est mécanique et non optionnelle. Un pharmacien ayant amorti 5 ans sur 10 avant de revendre se retrouve donc avec une plus-value partiellement à court terme, taxée bien plus lourdement.
| Critère | Cession du fonds de commerce (IS) | Cession des titres de SEL (IS) |
|---|---|---|
| Régime de la plus-value | Droit commun IS : résultat ordinaire | Titres de participation LT : quasi-exonération |
| Taux d'imposition effectif société | 25 % sur la PV (taux IS ordinaire) | ~3 % (quote-part de 12 % × 25 %) |
| Avantage pour l'acquéreur | Oui, amortissement fiscal déductible sur 10 ans (jusqu'à 375 000 € d'économie IS pour 1,5 M€) | Non, pas d'amortissement fiscal sur les titres |
| Droits d'enregistrement acquéreur | ~3 % du prix (tranches variables, CGI art. 719) | 3 % du prix des parts (CGI art. 726) |
| Trésorerie nette cédant (après IS société) | Captive dans la société, flat tax 30 % pour sortie personnelle | Directement distribuable ou réinvestissable via SPFPL |
| Risque requalification plus-value CT | Oui, si fonds amortis partiellement avant la cession | Non applicable |
| Sources : CGI art. 39 duodecies, 219 I-a quinquies, 726 ; BOFiP ; Le Moniteur des Pharmacies, fév. 2026 ; AdéquA, jan. 2026 | ||
"En matière de fiscalité, la réflexion s'inscrit dans le temps long et il conviendra de s'interroger sérieusement, dès l'installation, sur l'opportunité de mettre en place une SPF-PL."
Ce que vous devez faire, et dans quel ordre
Action 1 : Diagnostiquer votre situation de cédant avant fin 2026
Si vous envisagez de vendre dans les 24 à 36 prochains mois, la question centrale est : votre fonds a-t-il été amorti ? Si oui, depuis combien d'exercices ? La fraction amortie sera requalifiée en plus-value à court terme lors de la cession. Sur une pharmacie à 1,5 M€ avec 5 annuités déjà déduites (soit 750 000 € d'amortissements), le différentiel d'imposition entre court terme (IS à 25 %) et long terme (quasi-exonération titres) peut atteindre potentiellement 150 000 à 180 000 € de fiscalité supplémentaire. Demandez à votre expert-comptable une simulation comparative fonds vs titres dès maintenant, avec les exonérations applicables (art. 238 quindecies CGI pour les valeurs inférieures à 500 000 €, départ à la retraite).
Action 2 : Si vous êtes acquéreur, sécuriser l'éligibilité au dispositif dès l'acte
Le dispositif d'amortissement fiscal est conditionné à deux critères : (1) le fonds doit être acquis à titre onéreux entre le 1er janvier 2022 et le 31 décembre 2029 ; (2) l'opération ne doit pas être réalisée entre entreprises liées (clause anti-abus de la LF 2026, art. 4 bis). Vérifiez avec votre conseil juridique que votre schéma d'acquisition n'entre pas dans le champ de l'exclusion. En cas d'acquisition via une SEL nouvelle, l'amortissement s'applique dès le premier exercice. Sur un fonds à 1,5 M€, planifiez la déduction de 150 000 €/an dans votre plan de financement, cela améliore directement la capacité de remboursement. PharmaPex intègre cette simulation dans ses outils d'analyse financière préalable à l'acquisition.
Action 3 : Surveiller l'horizon 2029 et la pérennisation du dispositif
Le dispositif est temporaire jusqu'au 31 décembre 2029. Deux députés Ensemble pour la République ont déjà plaidé pour sa transformation en mesure pérenne (amendement n°I-2731, AN, octobre 2025). Aucune décision définitive n'a été prise. Si vous acquérez un fonds en 2026, la 10e annuité d'amortissement tombera en 2036, bien après l'horizon du dispositif actuel. Le risque de non-déductibilité des dernières annuités est réel si le dispositif n'est pas de nouveau prorogé en LF 2030. Indicateur à suivre : le projet de loi de finances pour 2030, à présenter à l'automne 2029.